出现乙肝免疫耐受是由于人体免疫细胞对病毒不发生免疫反应，不能对其发起攻击而清除病毒。乙型肝炎患者在乙肝病毒首次感染时，大都能引起全身免疫反应，如发生肝细胞损害，肝功能不良（转氨酶升高，有时出现黄疸）。经过一段时间后，90%左右的病人都能清除病毒产生抗体，肝功能恢复正常，病情痊愈。也有少数人（约10%）由于各种原因发生免疫功能不良而对乙型肝炎病毒免疫反应不完全（即不同程度的免疫耐受现象），容易发生肝炎慢性化，由于病毒不能及时清除而出现乙肝抗原长期阳性。对于这些患者使用抗病毒药物（如干扰素）治疗时，其效果就会受到一定影响。乙肝免疫耐受很容易被乙肝患者及家属所忽视，有的甚至一旦发现，已到了肝硬化或肝癌，所以在此期间要注意定期检查乙肝两对半，肝功能和B超以及HBV-DNA，发现有问题那就及时地规范的治疗。